Pergolini vivió su infancia y adolescencia en San Isidro y en Martínez. Según él declara tuvo una infancia "muy triste" porque "estaba siempre solo, yo era distinto a los demás pibes, tuve una infancia muy solitaria".

Cursó estudios primarios en el colegio Santa Isabel, y secundarios, luego de pasear por varios colegios, los finalizó en el colegio La Salle.

Pergolini tuvo una adolescencia difícil y una relación difícil con su padre, quien le recalcaba todo el tiempo que nunca llegaría a ser nadie.

En 1989 debuta en Cablevisión con su primer protagónico en TV: "Videolínea". Uno de los socios de la productora de este programa era Diego Guebel, amigo de Pergolini, de la Universidad del Salvador.

En 1992 comenzó con un programa llamado "Podría ser peor", que salía al aire de lunes a viernes de 10 a 14. Su primer exito radial fue "Feedback" programa que co-conducía junta a Ari Paluch en Radio Horizonte, al ser creada la "Rock & Pop" el programa fue uno de los primeros. Al verse seriamente dañada la relación con su co-conductor Pergolini comenzó un ciclo nuevo llamado: "Malas compañías". A fines de 1993, Pergolini comenzó un nuevo programa de radio en la Rock and Pop que se llamó "¿Cuál es?", y conducía junto a Eduardo De la Puente. El programa comenzó con un equipo con nombres como Andy Kuznetzoff en producción y Freddy Villareal y Jose Maria Listorti en móviles, aunque el equipo fue rápidamente reemplazado, quedando como únicos sobrevivientes del reemplazo Mario Pergolini y Eduardo De la Puente. Este programa sigue emitiéndose hoy por la radio argentina FM Rock & Pop 95,9 y cuenta con una gran audiencia.

En 1995 llevó a la televisión porteña un proyecto: CQC (Caiga Quien Caiga). El programa comenzó a emitirse por América TV y luego pasó a Canal 13. Durante 2006 se emite por Telefé.

Es conocida su rivalidad con Marcelo Tinelli, que comenzó cuando Pergolini conducía La TV ataca y Tinelli VideoMatch. Luego la pelea siguió con otro enfrentamiento de programas: Pergolini con Hacelo por mi y Tinelli con Ritmo de la noche. En todos los casos, el enfrentamiento era entre dos estilos opuestos.

Mario es uno de los dueños de la productora Cuatro Cabezas (también conocido como 4K) de contenidos para televisión, radio, cine y publicidad, y tiene presencia en varios países.